由于行政事业单位在资金来源、资本结构、会计处理等方面与企业有着很大的区别，因此不能完全套用企业内控规范的五大要素框架。要想理解行政事业单位内控规范与企业内控规范的重要区别，首先是要理解行政事业单位与企业的区别。 

一、目的和自觉性不同
　　行政事业单位是行政单位与事业单位两个概念组成的。
　　行政单位即所谓国家机关，是指国家为行使其职能而设立的各种机构，是专司国家权力和国家管理职能的组织，包括中央和地方各级组织。
　　事业单位，是指国家为了社会公益目的，由国家机关举办或者其他组织利用国有资产举办的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。
　　无论行政单位还是事业单位，其目标都侧重于社会公共服务与公共管理活动目标的履行，强调效率与公平的统一性。
　　相比较而言，企业则是从事生产、流通、服务等经济活动，以生产或服务满足社会需要，实行自主经营、独立核算、依法设立的一种营利性经济组织。
　　“企业存在的目的在于实现盈利，实现自身价值的最大化，它生存的动力来自于竞争，对比效率和公平，企业往往会出于自利性，更多强调效率性，而忽视公平性。”张庆龙说。
　　行政事业单位与企业由于产权关系明晰程度不同，还带来了受托责任履行的自觉性不同。
　　企业管理建立在明确的产权关系基础之上，受托者往往是在完善的法人治理结构下运行并创造企业效益，如果一旦因为渎职或者受托经济责任履行情况不好，这种外在的监督与约束机制自然就会发挥其应有的效力。
　　行政事业单位则不然，其使用的资金大多为纳税人的收入，作为广大社会公众资金使用的受托者，往往会因为产权主体的不明晰产生“败德”行为，这从经济学意义上说就是政府失灵行为。
　　张庆龙认为，一旦在行政事业单位管理的框架结构中缺少对于公共权力的监督，缺少通过不相容岗位设置以及授权审批、预 算管理、会计控制、信息公开等手段，以一种权力制约另外一种权力，那么，这种社会责任履行的自觉性常常会处于无效、不自觉状态，甚至产生腐败和公共道德风险问题。
　　“也就是说，对比企业而言，一旦缺乏控制，行政事业单位管理者本身缺乏自觉履行受托责任的自觉性。”张庆龙说。

二、绩效评估标准和内控建设目标不同
　　在企业管理中，绩效评估指标主要为销售收入、净利、销售净利率、销售毛利率、资产净利率、净值报酬率和市场占有率等。而对于行政事业单位内部管理来说，其行为的合法性、公众舆论好坏、各种冲突的减少程度、公共项目的实施与效果、公共产品的数量及其耗费程度等是评估其管理绩效的主要指标。
　　“很显然，企业管理的绩效评估强调经济利益，而行政事业单位管理的绩效则偏重于社会效益。”张庆龙说。
　　此外，行政事业单位和企业在内控建设目标上也体现出很大的不同。
　　在企业内控建设上，目标主要有战略目标、合法合规目标、财务目标、资产安全完整目标、经营的效率效果目标。在这五个目标中，行政事业单位内控与企业相同的是合法合规目标、财务目标、资产安全完整目标。
　　“对比企业内控，行政事业单位应注意，建设内控主要目标在于有效防范舞弊和预防腐败，提高公共服务的效率效果。”张庆龙说。
 
三、非全面内控
　　由于行政事业单位的组织结构、部门设置、职能权限等会受到外来制度和规定的约束，使得行政事业单位内控制度目前建设的空间比企业小，仅能涉及到财权(经济活动)的控制，无法涉及事权的控制。
　　“当然，抓住经济活动这条主线，也有利于事权的合规、有效性的管理。”张庆龙说。
　　行政事业单位内控规范将控制的范围进行了缩小，集中于经济活动的控制作为切入点。因此，行政事业单位内控的对象集中在预算控制、收支业务控制、政府采购控制、资产控制、建设项目控制、合同控制等这些常见的能够体现经济业务活动性质的控制活动上，而企业内控规范则强调全面内控。
　　此外，张庆龙表示，由于行政事业单位在资金来源、资本结构、会计处理等方面与企业有着很大的区别，因此不能完全套用企业内控规范的五大要素框架。
　　尽管存在差异化，我国行政事业单位内控规范还是兼顾了企业内控规范中可以吸取的方面，如注重运用风险评估，除加强业务层面的内控之外，特别加强对单位层面(控制环境)的内控，并注重对内控的评价与监督，保证内控的有效运行。
　　从这些方面，可以看出企业内控规范中的控制环境、风险评估、内部监督要素的影子。