内部控制应用指引可以划分为三类，即内部环境类指引、控制活动类指引、控制手段类指引，基本涵盖了企业资金流、实物流、人力流和信息流等各项业务和事项。
　　刘玉廷分析指出，内部环境是企业实施内部控制的基础，支配着企业全体员工的内控意识，影响着全体员工实施控制活动和履行控制责任的态度、认识和行为。内部环境类指引有５项，包括组织架构、发展战略、人力资源、企业文化和社会责任等指引。
　　企业在改进和完善内部环境控制的同时，还应对各项具体业务活动实施相应的控制。为此，财政部等部委制定了控制活动类应用指引，包括资金活动、采购业务、资产管理、销售业务、研究与开发、工程项目、担保业务、业务外包、财务报告等９个指引。
　　控制手段类指引偏重于“工具”性质，往往涉及企业整体业务或管理。此类指引有４项，包括全面预算、合同管理、内部信息传递和信息系统等指引。