资金运营内控设计，就是在评估资金活动风险的基础上，对资金活动内部控制进行设计的过程，是资金活动内部控制设计的关键环节。资金活动内部控制设计的基本程序包括以下内容：确定资金活动关键控制；明确资金活动控制目标；提出资金活动控制措施；设计资金活动控制证据；完善资金活动相关制度；绘制资金活动控制流程图；编制资金活动控制矩阵。
　　（一）设计关键控制点
　　资金活动控制要点涉及资金活动业务的全过程，实际工作中应重点对关键控制点进行控制。资金活动的关键控制确定，应根据资金活动风险评估的结果，结合具体单位实际情况来确定。实际操作中，资金活动关键控制要分别从筹资活动、投资活动、营运活动等具体业务流程和管理环节中确定。
　　1、确定筹资活动关键控制点。筹资活动内部控制内容包括筹资业务活动的全过程，内部控制关键是对末级流程的控制，并将控制嵌入到业务流程之中。一般来说，企业在建立与实施筹资活动内部控制中，至少应当强化筹资决策控制、筹资执行控制、筹资监控控制。拟定筹资方案、论证筹资方案、审批筹资方案、签订筹资协议、使用筹资资金、支付利息或股利为关键控制点。
　　2、确定投资活动关键控制点。一般来说，企业在建立与实施投资活动内部控制中，至少应强化投资决策控制、投资实施控制、投资收回或处置控制、投资监控等。拟定投资方案、论证投资方案、审批投资方案、签订投资协议、投资项目跟踪管理、投资项目会计系统控制、投资收回或处置控制为关键控制点。
　　3、确定营运活动关键控制点。协调资金需求、综合平衡资金、协调资金调度、会计系统控制为关键控制点。当然，营运活动内部控制内容及其关键控制因企业的不同而不同，一定要与具体单位营运业务实际相结合。
　　（二）设计控制目标
　　1、明确投资、筹资活动控制目标。一般来说，投资、筹资活动内部控制目标包括：保证投资、筹资活动的合法性、安全性、有效性，以及投资、筹资活动信息的可靠性等。
　　2、确定营运活动控制目标。营运活动控制目标，就是要保证营运活动合法、安全、完整、有效、可靠，从而有效控制因资金调度不合理、营运不畅，可能导致企业陷入财务困境或资金冗余；因资金活动管控不严，可能导致资金被挪用、侵占、抽逃或遭受欺诈等方面的风险。
　　（三）设计控制措施
　　《六号应用指引》要求，企业应当根据自身发展战略，科学确定投融资目标和规划，完善严格的资金授权、批准、审验等相关管理制度，加强资金活动的集中归口管理，明确筹资、投资、营运等各环节的职责权限和岗位分离要求，定期或不定期检查和评价资金活动情况，落实责任追究制度，确保资金安全和有效运行。企业财会部门负责资金活动的日常管理，参与投融资方案等可行性研究。企业主管会计工作的负责人或总会计师应当参与投融资决策过程。企业有子公司的，应当在符合有关法律法规和监管要求的前提下，采取切实有效措施，强化对子公司资金业务的统一监控。有条件的企业集团，应当探索财务公司等管理模式。设计人员要根据资金活动风险评估结果、资金活动控制目标、资金活动关键控制环节等，结合企业资金活动的实际情况确定资金活动内部控制措施。
　　（四）设计控制证据
　　1、设计投资、筹资活动控制证据。筹资活动控制证据就是投资、筹资活动内部控制中使用的文件、表单等。
　　2、设计营运活动控制证据。营运活动控制证据就是营运活动内部控制中使用的文件、表单等，主要包括：资金需求计划、资金预算、资金预算执行情况分析表、资金支付申请、月度资金分析表、年度资金分析表、资金检查报告、资金考核结果等。
　　（五）优化控制制度
　　资金活动内部控制设计的重要环节就是优化资金活动管理制度，主要工作根据资金活动内部控制的要求，提出完善或补充制定资金活动管理制度的建议，并督促相关部门修订完善或补充制定资金活动相关制度。这里特别说明的是资金活动内部控制应嵌入在资金活动管理制度中，不需要单独制定一套专门的资金活动内部控制制度。
　　（六）绘制控制流程图
　　绘制资金活动控制流程图要根据梳理资金活动业务流程、风险点、控制点及其相关的控制措施，结合具体单位的实际情况来绘制。本阶段设计工作成果是，形成《资金活动关键控制点确认表》、《资金活动控制目标及控制措施表》、《资金活动控制证据表》、《资金活动制度完善建议表》、《资金活动控制流程图》、《资金活动控制矩阵》等。