行政事业单位内部控制实施是个十分复杂的过程，主要包括：
　　(一)行政事业单位目标确定
　　行政事业单位目标是多种多样的，是一个相互联系、相互依存的目标体系。如何确定、分解行政事业单位目标，这确实是一个很重要的现实问题。根据目标管理理论，要保证行政事业单位确定的目标最终能有效地贯彻实施，必须满足SMART的要求。S是Specific，即明确的;M是Measur?鄄able，即可衡量的;A是Action?鄄able，即可操作的;R是Realistic，即符合实际的;T是Time，即有时间限制的。SMART分析是用以帮助进行正确的目标确定，并用以检查目标确定是否满足相关要求的有效工具。从技术层面看，企业目标管理成熟的经验确实应在行政事业单位中广泛推广。
　　(二)行政事业单位风险识别
　　行政事业单位不仅存在着风险，而且比企业的风险更难以判断和控制。行政事业单位在进行经济决策和市场监管时，存在着经济决策欠科学合理、市场监管“缺位”和“越位”等风险，在提供公共产品和公共服务时存在着公共产品质量不高、公共服务效率低下的风险，在管理自身资产的过程中存在着管理不善的风险，在编制和提供财务信息时也存在着信息不真实、不准确的风险。如果行政事业单位无视这些风险，或是不能准确识别风险并采取有效的风险应对措施，会带来极其严重的后果。识别行政事业单位的各种风险离不开对诱发风险的各种因素的分析和认识。引发风险因素包括外部因素和内部因素，外因通过内因起作用。我国行政事业单位在识别风险时需要考虑的相关因素包括：政治经济形势、法律法规、文化传统以及自然灾害等外部因素;单位干部职工的政治素质和道德修养、专业胜任能力、岗位设置和人员配备等人员因素;组织机构、职能任务、业务流程、工作进度、信息技术运用等管理因素;财务状况、经费收支、现金流量等财务因素。
　　(三)行政事业单位风险评估。
　　行政事业单位风险评估是行政事业单位实施有效内部控制的重要步骤，对行政事业单位内部控制理论和实践建设具有重要现实意义。风险评估是合理设计和实施内部控制措施的基础，它贯穿于行政事业单位业务活动的始终，也贯穿于行政事业单位内部控制的始终。对于现阶段尚未形成较强风险防范意识的我国行政事业单位而言，既要认识到进行科学的风险评估，正确把握未来可能发生的风险及其影响，将风险控制在可承受范围内非常必要，也要认识到这项工作的难度。目前，在我国行政事业单位开展风险评估，需要解决为什么评估、由谁评估、如何评估、何时评估等问题。
　　(四)行政事业单位控制活动。
　　行政事业单位控制活动是和风险应对联系在一起的，是风险应对策略的具体实施途径。确定了风险应对策略，行政事业单位就要根据不同的应对策略采取必要的行动以应付影响目标实现的风险。行政事业单位应当科学分析、准确掌握管理人员、关键岗位员工的风险偏好，采取适当的控制措施，避免因个人风险偏好给单位带来重大损失。
　　根据现阶段我国行政事业单位内部控制目标和风险集中的领域，行政事业单位控制活动主要包括以下几个方面的内容。一是与行政事业单位内部岗位设置有关的控制机制或方法，具体包括内部控制关键岗位责任制、关键岗位业务人员和部门负责人的轮岗制度，以及不相容岗位相分离控制。二是与行政事业单位内部决策和审批有关的控制机制或方法，具体包括议事决策机制和授权审批控制。三是预算控制。四是资产保护控制。五是会计系统控制。六是信息技术控制。